國家稅務總局下發的《關于實施農、林、牧、漁業項目企業所得稅優惠問題的公告》（國家稅務總局公告2011年第48號，以下簡稱公告），進一步明確了企業從事農、林、牧、漁業項目的稅收優惠和征管問題，自2011年1月1日起執行。
 
    行業類別征免稅界限分明
    公告第一條第一款稱，企業從事《企業所得稅法實施條例》第八十六條規定的享受稅收優惠的農、林、牧、漁業項目，除另有規定外，參照《國民經濟行業分類》（GB/T4754－2002）的規定標準執行。按此標準，國民經濟行業分類為四個層次，即門類、大類、中類、小類，一共20個門類、95個大類、396個中類、913個小類。但《企業所得稅法實施條例》第八十六條只是根據國家有關扶持和鼓勵政策，從中挑選一些特別重要的項目給予減稅和免稅優惠，其他沒有挑選列明的項目即不屬于企業所得稅的優惠范圍。其中，對關系國計民生、關系大多數人生計和健康的項目，以及最為薄弱、需要扶持的項目免予征收；對有一定收入，國家在一定期間仍鼓勵發展、需要扶持的項目減半征收。

    免予征收項目：企業從事農作物新品種選育，即對農作物進行品種和育種材料選育形成的成果，以及由這些成果形成的種子（苗）等繁殖材料的生產、初加工、銷售一體化取得的所得；從事林木的培育和種植，即對樹木、竹子的育種和育苗、撫育和管理以及規模造林活動取得的所得，包括企業通過拍賣或收購方式取得林木所有權并經過一定的生長周期，對林木進行再培育取得的所得；豬、兔的飼養取得的所得；飼養牲畜、家禽產生的分泌物、排泄物取得的所得；對取得農業部頒發的“遠洋漁業企業資格證書”并在有效期內的遠洋漁業企業，從事遠洋捕撈業務取得的所得。

    減半征收項目：觀賞性作物的種植，按“花卉、茶及其他飲料作物和香料作物的種植”減半征收所得稅；“牲畜、家禽的飼養”以外的生物養殖項目，按“海水養殖、內陸養殖”減半征收所得稅。

    另外，對企業將購入的農、林、牧、漁產品，在自有或租用的場地進行育肥、育秧等再種植、養殖，經過一定的生長周期，使其生物形態發生變化，且并非由于本環節對農產品進行加工而明顯增加了產品的使用價值的，可視為農產品的種植、養殖項目享受相應的稅收優惠。例如，某村農民專業合作社購入苗豬，租用本村廢棄的校舍進行生豬飼養，經6個月后育肥出售取得的收入可按“牲畜、家禽的飼養”免征企業所得稅；將購入的花卉苗木進行分栽，1年后上市銷售取得的所得可按“花卉、茶及其他飲料作物和香料作物的種植”減半征收企業所得稅。
 
    農產品初加工加工費列入免稅范圍
    公告第五條進一步明確，企業根據委托合同，受托對規定的農產品進行初加工服務，其所收取的加工費，可以按照農產品初加工的免稅項目處理。公告將農產品初加工拓展到“農產品進行初加工服務”項目，規定對農產品初加工“收取的加工費”免征企業所得稅。同時明確“油料植物初加工”工序包括“冷卻、過濾”等，“糖料植物初加工”工序包括“過濾、吸附、解析、碳脫、濃縮、干燥”等，規定此項稅收優惠自2010年1月1日起執行。
 
    商貿銷售不得享受減免稅優惠
    公告第五條第四款規定，企業對外購茶葉進行篩選、分裝、包裝后進行銷售的所得，不享受農產品初加工的優惠政策。此款是對外購茶葉進行篩選、分裝、包裝后銷售作出的特別規定。
 
    明確核算原則及專業部門確認意見
    公告第五條第三款規定，企業從事《企業所得稅法實施條例》第八十六條第（二）項適用企業所得稅減半優惠的種植、養殖項目，并直接進行初加工且符合農產品初加工目錄范圍的，企業應合理劃分不同項目的各項成本、費用支出，分別核算種植、養殖項目和初加工項目的所得，并各按適用的政策享受稅收優惠。該條規定對享受免減征稅收優惠的企業核算提出了具體要求，明確企業應合理劃分不同項目的各項成本、費用支出，分別核算種植、養殖項目和初加工項目的所得，凡不能分別核算的或劃分不清的，對企業存在一定的涉稅風險，應當引起這類企業的重視。

    公告第八條規定，企業同時從事適用不同企業所得稅政策規定項目的，應分別核算，單獨計算優惠項目的計稅依據及優惠數額；分別核算不清的，可由主管稅務機關按照比例分攤法或其他合理方法進行核定。

    所謂分攤比例法，是根據納稅人的應納稅收入總額占全部收入的比重作為分攤比例，分攤其全部支出中應當由納稅收入分攤的部分，并據以計算準予扣除支出項目的金額，經納稅調整后，確定應納稅所得額和計算應繳所得稅。計算公式與步驟：（一）分攤比例＝應納稅收入總額÷收入總額；（二）準予扣除的支出項目金額＝賬載支出總額×分攤比例；（三）對稅收規定調整標準的支出項目進行稅收調整；（四）應納稅所得額＝應納稅收入總額－準予扣除的支出項目金額±稅收調整項目金額。

    公告對什么是再種植、養殖，經過多長的生長周期等沒有明確，但公告第七條第二款規定，主管稅務機關對企業進行農產品的再種植、養殖是否符合上述條件難以確定的，可要求企業提供縣級以上農、林、牧、漁業政府主管部門的確認意見。這樣可以減少或避免稅企雙方在稅收執法中引起的爭議。
 
    受托方與委托方同時享受稅收優惠
    公告第九條第一款規定，企業委托其他企業或個人從事《企業所得稅法實施條例》第八十六條規定農、林、牧、漁業項目取得的所得，可享受相應的稅收優惠政策。該條款進一步擴大了農、林、牧、漁業項目所得稅優惠的范圍，明確規定企業委托其他企業或個人從事《企業所得稅法實施條例》第八十六條規定農、林、牧、漁業項目取得的所得，可享受相應的稅收優惠政策。

    國家稅務總局《關于“公司＋農戶”經營模式企業所得稅優惠問題的通知》（國家稅務總局公告2010年第2號）明確了“公司＋農戶”經營模式企業，可享受減免企業所得稅優惠政策。公告將“委托”范圍進一步擴大到“其他企業或個人”，顯現稅收惠農的原則。公告第九條第二款進一步明確，企業受托從事《企業所得稅法實施條例》第八十六條規定農、林、牧、漁業項目取得的收入，比照委托方享受相應的稅收優惠政策。換言之，對涉農企業受托方也比照委托方享受相應的稅收優惠。
 
    風險提示
    公告第一條第二款對企業從事農、林、牧、漁業項目，凡屬于《產業結構調整指導目錄（2011年版） 》（國家發展和改革委員會令第9號）中限制和淘汰類的項目，不得享受企業從事農、林、牧、漁業項目的所得可以免征、減征企業所得稅的稅收優惠。

    公告第十條規定，企業購買農產品后直接進行銷售的貿易活動產生的所得，不能享受農、林、牧、漁業項目的稅收優惠政策，明確了企業購買農產品后進行商貿活動不享受涉農稅收優惠。