澄邁公司，只有兩個股東（張浩和劉霞），2006年3月取得澄邁縣盈濱半島“盈濱雅園別墅小區”項目的土地使用權，該項目土地性質為旅游用地，土地使用權有效期至2055年12月19日。項目建成于2011年。

　　《房產預售許可證》頒證時間為2009年12月23日，澄邁公司與張浩等14人的《商品房買賣合同》簽訂時間為2011年8月22日，合同約定房屋售價為每平米6580元，并于2011年8月31日以該價格在澄邁縣地稅局某分局開具全額購房發票，預繳土地增值稅人民幣1077122.97元。

　　2013年10月9日，澄邁公司向澄邁縣地方稅務局某分局申報辦理土地增值稅清算。隨后，由海南鵬林會計師事務所對涉案項目土地增值稅清算進行了專項檢查鑒證。稅務部門接納鑒證報告中股東購買的兩套別墅的售價按每平方米6580元，但其他12套項目別墅銷售價應調整為每平方米9450元，總銷售收入為48288520.10元。

　　為此，澄邁公司應補交土地增值稅8727998.63元，補交營業稅及附加681143.27元，應補交稅費合計9409141.90元。

　　土地增值稅自從采取先預繳后清算的繳稅方式以來，在清算階段稅務機關工作量比較大，企業應該如何避免風險？

　　房地產企業的土地增值稅清算，應該“主動”還是“被動”？

　　澄邁公司認為自身的做法并無不妥。首先，其實際銷售時間是2008年~2009年，售價4000元/㎡。2011年是開票時間。澄邁公司申報土地增值稅的售價6580元價格是2011年8月稅務機關所確定的最低計稅價格，該價格已經超出了實際售價，不存在銷售價格明顯偏低的情況。

　　另外，該項目雖然名為別墅，但是其配套、房屋質量等與豪宅還是有差距。因此稅務機關以9450元/㎡的單價作為計稅依據不合理。

　　最后，澄邁公司認為稅務機關存在程序瑕疵，違反法定程序。

　　土地增值稅的清算條件，是指應繳土地增值稅的開發項目進行清算應達到的條件。土地增值稅的清算條件有兩種，一是主動清算條件，二是被動清算條件。

　　稅務機關從項目銷售時間、價格等逐一分析，認為做法正常。

　　稅務機關認為，2011年8月22日為房屋銷售時間。澄邁公司申報提供的《商品房買賣合同》，簽訂時間均為2011年8月22日，購房者簽訂合同后按約支付了購房首付款，且于2011年8月31日在澄邁縣地方稅務局開具全額購房款發票。股東以個人名義與購房者簽訂售房合同并不能代表澄邁公司等理據。

　　另外，稅務機關認為澄邁公司涉案項目商品房銷售價格明顯偏低且無正當理由。根據《海南省地方稅務局關于土地增值稅清算有關問題的通知》第三條第（三）項，稅務機關以9450元/㎡的單價核定銷售房屋收入合理。

　　最后，稅局機關強調對涉案項目進行土地增值稅清算審核工作，程序合法。

　　2013年，國稅總局發布《關于進一步做好土地增值稅征管工作的通知》（稅總發〔2013〕67號）進一步明確加強對土地增值稅的清算工作，該文件是國家稅務總局對加強土地增值稅清算工作的指引，強調通過巡回督察、加強地方官員績效考核等方式，推進各地稅務機關土地增值稅清算工作。

　　雙方各執一詞，鬧到法院，法院如何判定？

　　一審法院于2015年3月10日判決撤銷《土地增值稅清算稅款繳納通知書》和《限期繳納稅款通知書》。責令稅務機關重新對澄邁公司的土地增值稅進行清算。

　　具體理由如下：

　　1、涉案行政行為依據的事實有問題

　?。?）稅務機關核定涉案房產的銷售價格是以復函為依據，但是復函本身有問題，因為沒有選取售價為6500元/㎡的中華坊進行價格測評卻未說明理由。

　?。?）核定房地產價格時未充分考慮土地的性質及其使用年限。

　?。?）稅務機關對澄邁公司股東張浩、劉霞的房產的價格按照開票價格6580元予以認定，對其他購房者的價格卻認定不同價格，只因為張浩、劉霞是股東而售價不同，這個理由不充分。

　?。?）審鑒報告、初審意見認定銷售時間為2009年12月至2011年8月，但是鑒證報告、初審意見中認定銷售時間為2011年8月22日，存在自相矛盾。

　　2、適用法律存在錯誤

　　稅務機關依據《海南省地方稅務局關于土地增值稅清算有關問題的通知》（瓊地稅法（2009）187號文）第三條規定進行申辯。但是在本案中，稅務機關忽視澄邁公司同期、同類商品房平均銷售價格（兩名股東的購房價格-6580元/㎡）而直接適用第（三）項來確定商品房銷售價格缺乏法律依據。

　　3、稅務機關作出行政行為的程序有問題

　?。?）鑒證報告應由稅務師事務所出具，而非會計師事務所出具。

　?。?）稅務機關提供的證據未能顯示稅務機關曾在清算過程中親自或委托他人實地核查涉案項目中所應具備的經相關領導批準的《土地增值稅清算下戶申請》和《實地核查通知書》，不能證明確實進行過對涉案及相關項目銷售價的實地查看和對比，進行過價格確定工作，故其核定項目價格的程序違法。
　?。?）澄邁公司向稅務機關提交《請求對涉案項目土地增值稅清算資料進行審核認定申請》后，稅務機關對其申請未進行審驗，也未對其申請進行答復，違反了海南省地方稅務局瓊地稅發（2013）16號文中關于清算工作程序的規定。

　　國家稅務總局相繼出臺了加強土地增值稅征管的政策文件，對清算條件、收入確認、成本費用和扣除等方面都作了較為明確的規定?！?span style="color:#ff0000;">國家稅務總局關于印發<土地增值稅清算管理規程>的通知》(國稅發〔2009〕91號)對土地增值稅清算做了詳細規定。但由于土地增值稅政策專業性強、操作過程復雜，時間跨度長，稅款金額較大等原因，現實中多數房地產開發企業對清算規定執行不到位，達到條件主動清算的企業很少，才導致土地增值稅清算的涉稅風險不斷加大。

　　小坤建議：企業在熟悉相應的稅收法律、法規的基礎上，應對省級土地增值稅清算的操作標準及相應的操作細則認真研究，解決清算實踐中的現實問題，避免涉稅風險。