企業出現環境違法行為會對企業的諸多稅收優惠政策產生重大影響，包括取消高新技術企業資格并追繳相應的企業所得稅、不得享受銷售綜合利用產品和勞務的增值稅即征即退政策、取消軟件產業和集成電路產業的其享受稅收優惠的資格，并補繳已減免的企業所得稅稅款等，希望各企業注重環保法規，遵法守法經營，避免給企業帶來稅收損失。主要列舉如下：

　　情形一、嚴重環境違法取消高新技術企業資格

　　根據《財政部 國家稅務總局科學技術部關于修訂印發<高新技術企業認定管理辦法>的通知》（國科發火[2016]32號）第十九條規定，已認定的高新技術企業有下列行為之一的，由認定機構取消其高新技術企業資格：

　　(一)在申請認定過程中存在嚴重弄虛作假行為的；

　　(二)發生重大安全、重大質量事故或有嚴重環境違法行為的；

　　(三)未按期報告與認定條件有關重大變化情況，或累計兩年未填報年度發展情況報表的。

　　對被取消高新技術企業資格的企業，由認定機構通知稅務機關按《稅收征管法》及有關規定，追繳其自發生上述行為之日所屬年度起已享受的高新技術企業稅收優惠。

　　情形二、環保違法處罰下達后不得享受增值稅即征即退政策

　　《財政部 國家稅務總局關于印發<資源綜合利用產品和勞務增值稅優惠目錄>的通知》（財稅[2015]78號）第四條規定，已享受本通知規定的增值稅即征即退政策的納稅人，因違反稅收、環境保護的法律法規受到處罰（警告或單次1萬元以下罰款除外）的，自處罰決定下達的次月起36個月內，不得享受本通知規定的增值稅即征即退政策。

　　情形三、環保違法處罰取消享受優惠政策

　　《財政部 國家稅務總局關于進一步鼓勵軟件產業和集成電路產業發展企業所得稅政策的通知》（財稅[2012]27號）第十九條規定，享受上述稅收優惠的企業有下述情況之一的，應取消其享受稅收優惠的資格，并補繳已減免的企業所得稅稅款：（一）在申請認定過程中提供虛假信息的；（二）有偷、騙稅等行為的；（三）發生重大安全、質量事故的；（四）有環境等違法、違規行為，受到有關部門處罰的。

　　《財政部 國家稅務總局 發展改革委 業和信息化部關于軟件和集成電路產業企業所得稅優惠政策有關問題的通知》（財稅[2016]49號）第二條規定，財稅[2012]27號文件所稱集成電路生產企業，是指以單片集成電路、多芯片集成電路、混合集成電路制造為主營業務并同時符合下列條件的企業：（一）在中國境內（不包括港、澳、臺地區）依法注冊并在發展改革、工業和信息化部門備案的居民企業；（二）匯算清繳年度具有勞動合同關系且具有大學專科以上學歷職工人數占企業月平均職工總人數的比例不低于40%，其中研究開發人員占企業月平均職工總數的比例不低于20%；（三）擁有核心關鍵技術，并以此為基礎開展經營活動，且匯算清繳年度研究開發費用總額占企業銷售（營業）收入（主營業務收入與其他業務收入之和，下同）總額的比例不低于5%；其中，企業在中國境內發生的研究開發費用金額占研究開發費用總額的比例不低于60%；（四）匯算清繳年度集成電路制造銷售（營業）收入占企業收入總額的比例不低于60%；（五）具有保證產品生產的手段和能力，并獲得有關資質認證（包括ISO質量體系認證）；匯算清繳年度未發生重大安全、重大質量事故或嚴重環境違法行為。