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為全面促進組織收入工作，進一步加大國稅稽查力度，嚴厲打擊各種偷騙稅行為，N區國稅局開展了稅收專項檢查工作，該局稽查局通過人工選案，對某股份有限公司的報表、納稅申報等資料進行了分析及調查了解，發現該企業連續3年進項稅額大于銷項稅額，因此懷疑該公司在農副產品收購發票等方面存在問題，故決定立案檢查。
該股份有限公司，主要經營范圍是飼養、繁殖、銷售種雞，生產加工肉用雞、速凍食品、飼料、牛羊肉等制品。公司擁有種雞廠、飼料加工廠、肉雞加工廠、駐外分公司、辦事處等十多家分廠、分公司。1996年、1997年、1998年1至7月，銷售收入分別為3．43億，5．07億，3．84億，利潤總額分別為0．4億，0．68億，0．45億，1996年全公司銷項稅額14156689．28元，進項稅額16774550．43元，1997年銷項稅額17270708．62元，進項稅額18983817．40元，1998年1月至7月全公司銷項稅額10155862．35元，進項稅額11563550．61元，始終進項大于銷項。
稽查局在對該企業的檢查過程中，根據企業的實際情況，下屬的非獨立核算的報賬單位多，而且相隔距離比較遠，每月的記賬憑證比較多及檢查時間有限等特點，從1998年9月3日至9月15日，主要采取抽查和逆查的方法，先找企業有關人員了解企業的生產經營和核算情況，再結合決算報表加以分析，找出疑點，確定檢查的對象。先后對總公司、肉雞加工廠等單位進行檢查。在具體檢查實施過程中，先對企業財務決算報表比較分析，對有疑問的科目結合憑證進行逐筆檢查，針對企業進項稅額較大的疑點，對該企業所有的進項發票，尤其是農副產品收購發票進行了細致的檢查和調查了解，發現企業存在以下違法事實：
1.該企業庫存的外購藥品、原材料、包裝物、庫存的成品雞、餃子發生非正常損失未做進項稅額轉出76876．72元。根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第十條規定，應作進項稅額轉出76876．72元。
2.向外單位收取的電費收入24585．03元，應提未提銷項稅額3572．18元。根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第一條、第二條的規定，應補提增值稅銷項稅額3572．18元。
3.銷售外購的藥品、器械、雛雞未計提銷項稅額183782．81元。根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第一條、第二條的規定及財政部、國家稅務總局《關于調整農業產品更新換代增值稅稅率和若干項目征免增值稅的通知》（財稅字［1994］4號）規定，應補增值稅183782．81元。
4.企業已實現銷售，但未按期向稅務機關辦理納稅申報19584．88元。根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》和《中華人民共和國稅收征收管理法》第十六條規定，應補繳增值稅19584．88元。
5.將藥品、器械發往不在同一縣（市）的服務站用于銷售，未按視同銷售貨物計提銷項稅額73094．45元。根據《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》第四條規定，應按視同銷售計提增值稅銷項稅額73094．45元。
6.企業非應稅收入的運費、冷藏費抵扣進項稅額354069．13元。根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第十條規定，應作進項稅額轉出354069．13元。
7.1998年5月取得1994年版增值稅專用發票并抵扣進項稅額3603．37元，根據國家稅務總局的有關文件規定，不能抵扣進項稅額，應補繳增值稅3603．37元。
8.企業收購毛雞制定了一套內部價格體系，即高價銷售飼料和高價銷售雛雞，然后高價回收毛雞。由于飼料及雛雞銷售時是免稅的，回收毛雞時則開具農副產品收購發票抵扣進項稅額，該企業一直未按稅務機關核定的價格計提進項稅額，而是按自定的高價計提進項稅額，故此造成多提進項稅額。根據《中華人民共和國稅收征收管理法》第二十四條及其實施細則第三十六條、第三十七條和第三十八條的規定，對多提的進項稅額4379508．58元，應予補征。
依據《中華人民共和國稅收征收管理法》第四十條的規定，上述行為構成偷稅。以上合計應補稅款5174658．16元，扣除正常留抵稅額4324713．43元，實際應補增值稅769944．73元?；榫謱ζ渥鞒隽搜a稅769944．73元，罰款769944.73元的處理。
1.企業有關人員納稅意識淡薄，而且對一些具體的稅收政策學習、理解得不準確、不深入。
2.稅務機關征管和稽查部門聯系不緊密，以至企業連續出現負申報而未及時稽查。
3.稅務機關管理、處罰偏松，企業一直未按核定的價格計提進項稅額也未進行處理。
4.農副產品收購發票由企業自行保管、自行填開、自行抵扣，而收購對象又大多是個人，稅務機關很難控管。
5.稅務機關應針對集團性的企業的具體情況進行納稅輔導，規范企業的日常行為，防微杜漸。應加強對農副產品收購發票的日常管理，嚴格控制收購發票的使用對象，嚴格審核收購對象、收購金額，同時要加強稽查力度，加強交叉稽核，提高稽查的工作效率。 |
